O programa de Pesquisa em Biodiversidade- PPBio foi criado pelo MCTI em 2004, incluído no Plano Plurianual do Governo Federal e oficializado pela Portaria MCT nº 268 de 18 de junho de 2004, que define seus objetivos, tendo sido modificado pelas portarias MCT nº 382, de junho de 2005, e MCT nº 388, de 22 de junho de 2006.
De abrangência nacional, o programa tem como objetivo central articular a competência regional e nacional para que o conhecimento da biodiversidade brasileira seja ampliado e disseminado de forma planejada e coordenada.
O programa iniciou sua atividades na região amazônica, fortalecendo a atuação dos institutos do MCTI na região: o Instituto Nacional de Pesquisa da Amazônia (INPA) na Amazônia Ocidental e o Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG) na Amazônia Oriental.
Posteriormente, o programa foi expandido para o Semiárido, mediante colaboração com a Universidade Estadual de Feira de Santana (UEFS). Em 2010, a Mata Atlântica também foi abrangida pelo PPBio, por meio de um projeto piloto, no âmbito do Projeto Nacional de Ações Integradas Público-Privadas para a Biodiversidade (PROBIO II), coordenado pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA), em parceria com o Jardim Botânico do Rio de Janeiro (JBRJ) e a Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ).
Por meio de ações da rede ComCerrado, o PPBio também passou a abranger, recentemente, o bioma Cerrado.
O Bioma das Caatingas, totalmente incluído no Semi- árido, era considerado o mais pobre em biodiversidade do Brasil . A justificativa para tal consideração seria a presença de uma vegetação derivada de outras formações vegetais alteradas, altamente antropizada e sem espécies endêmicas.
Apesar da grande antropização, especialmente nas áreas de menor altitude (0-500 m s.m.), o Bioma das Caatingas abriga uma grande variedade de tipos vegetacionais, incluindo diferentes tipos florestais, desde as florestas caducifólias (que perdem totalmente as folhas na época seca), denominadas c aatingas, até as subcaducifólias e perenifólias (que permanecem com as folhas em todas as épocas do ano), denominadas geralmente de brejos de altitude, brejos estacionais em altitudes mais baixas, cerrados e campos rupestres nos topos das serras mais altas (entre 1200-2000 m s.m.).
Tal complexo vegetacional está relacionado com diferentes tipos de climas, sistemas de chuvas, relevo, solos e hidrografia. Os rios da região, mesmo com poucos na condição de perenes, garantem a água necessária para a manutenção da vida na região. Esta grande diversidade de fatores atuando no Semiárido explica a diversidade vegetacional e possibilita a manutenção de uma grande população .
Estima-se que o Bioma das Caatingas inclua uma biodiversidade da ordem de mais de 20.000 espécies, entre animais, fungos e plantas. O conhecimento amplo e detalhado dessa biodiversidade pode levar à preservação do patrimônio natural através da conservação das paisagens, ecossistemas, espécies de plantas, animais e fungos e da variabilidade genética de suas populações, além de promover o desenvolvimento econômico e humano de maneira sustentável.
O PPBio do Semiárido vem dando continuidade aos estudos sobre biodiversidade iniciados pelo IMSEAR (Instituto do Milênio do Semiárido). Ele tem como objetivo articular atividades de instituições de pesquisa do Nordeste buscando levantar e caracterizar as espécies de plantas, animais, fungos e microrganismos do semiárido através de uma rede de inventários, ampliando as coleções biológicas e caracterizando a biodiversidade regional através de estudos filogenéticos, populacionais e bioquímicos em grupos importantes da Caatinga.
Previsto para 10 anos, o PPBio ampliará o conhecimento sobre a biodiversidade do semiárido, contribuirá para a manutenção e a modernização dos acervos biológicos do Nordeste e estimulará a formação e a fixação de pessoal qualificado, promovendo desenvolvimento científico e tecnológico na Região.